Après plusieurs essais, qui ont consisté à envoyer un missile en direction des Tortues à partir du Dakoda du Sud mais qui a dévié pour raser le Mont Rushmore, Shredder et Krang volent toute l'électricité de New York pour la charger dans une porte interdimensionnelle, utilisée pour envoyer la Terre dans la dimension X. Les Tortues doivent combattre leurs ennemis avant que la Terre ne soit détruite par les soldats de pierre de Krang. Au final, les Tortues renvoient le Technodrome dans la Dimension X et sont accueillis comme des héros en ville.