Après avoir découvert qu'un dinosaure vivant sème la terreur dans la ville avant de disparaître, les Tortues suivrent sa trace dans un énorme trou avant de découvrir une chose surprenante. Dans une cave souterraine, les dinosaures existent toujours. Ailleurs, Shredder et ses bras droits mutants, Bebop & Rocksteady, sont aussi présents, mais ils recherchent un cristal nécessaire à Krang pour rechercher les cellules énergétiques du Techndrome. Les Tortues découvrent que le cristal est la source nécessaire à la survie des dinosaures souterrains et doivent le récupérer avant qu'il ne soit trop tard.