Avec quelques membres en vacances, Iron Man et Hulk aident Les Quatre Fantastiques lorsque Super-Skrull et son acolyte Skrull envahissent Superhero City. Durant ce temps, Thanos et Docteur Fatalis forment une alliance pour obtenir un artefact particulier des building Baxter. Les Quatre Fantastiques et d'autres membres du Super Hero Squad combattent Skrull, le Faucon et H.E.R.B.I.E. pour défendre le building Baxter de Abomination, MODOK et le Piégeur.