Shredder utilise une machine à remonter dans le temps pour revenir dans l'ancien Japon en l'année 1583. Son but ? Battre Hamato Koji, l'ancêtre de Splinter qui a formé le Clan du Foot. S'il est défait, le clan du Foot ne verra jamais le jour, Splinter non plus et les Tortues resteront de simples animaux.