April O'Neil, de la chaîne 6 est à la recherche d'informations sur la vague de crimes perpétrée à New York City. D'après les informations, il semblerait que les responsables soient des ninjas. Bien décidée à élucider cette affaire, elle se retrouvera encerclée par un gang. Elle ne devra sa survie qu'en prenant la fuite dans les égoûts où elle sera sauvée ... par quatre tortues humanoïdes. Ces dernières l'emmèneront devant leur mentor, un rat humanoïde nommé Splinter, qui raconter son histoire en tant que Hamato Yoshi, un ninja japonais. Alors que les Tortues et April cherchent des informations sur l'origine de ce gang, ils finissent par découvrir un groupe de robots ninjas que Splinter reconnait comme faisant partie du Clan des Foot. Avant qu'April ne puisse les dévoiler, elle se fera kidnappée par le Technodrome. Les Tortues partent à sa rescousse.