Pendant la Guerre Civile, l'officier Jonah Hex tue son supérieur et ami Jeb Turnbull après avoir refusé de massacrer des civils dans un hôpital. Le général Quentin Turnbull, père de Jeb, se venge alors sur la famille de Hex avec l'aide de son bras-droit Burke. Il laisse sur la figure de Jonah une marque au fer rouge et l'abandonne à son sort.



Des jours plus tard, une tribu amérindienne recueille Hex pour le ramener à la vie. Mais Hex ne sera plus jamais le même : meurtri, solitaire, et maîtrisant des pouvoirs surnaturels comme faire parler les cadavres, il devint un chasseur de primes et hors-la-loi redouté à travers tout l'Ouest. Apprenant que Turnbull cherche à semer le chaos pendant les célébrations du centenaire de l'Amérique, Jonah Hex va tenter de l'arrêter avec le soutien d'une prostituée au fort caractère, Lilah