Baxter et son ordinateur extraterrestre sont de retour sur Terre et récupèrent le nouveau pistolet Retro-Mutagène de Shredder. Après avoir récupéré l'essence de différents insectes et arachnides, il l'utilise sur de nombreux citoyens pour les transformer en mutants. Les Tortues doivent combattre ces créatures et les faire revenir à la normale.