Après avoir expérimenté un voyage temporel à cause d'une horloge atomique, les Tortues se retrouvent en 1890, où elles rencontrent le fameux détective Sherlock Holmes et son assistant le Docteur Watson, qui tentent d'arrêter le Docteur Moriarty qui a volé l'horloge atomique pour diriger le futur. Les Tortues doivent stopper Moriarty avant qu'il utilise l'horloge atomique et qu'il se proclame Empereur du monde.