Suivant le précédent épisode, Hokum Hare et les Tortues partent dans un train voyageant dans le temps les emmenant en 2036, où ils découvrent que Shredder a des plans pour la ville de New York. Finalement, les Tortues du Passé et du Futur s'allient pour contrecarrrer Shredder avant que les actions de ce dernier ne menace toutes les lignes temporelles.