Shredder revient de la Dimension X. Néanmoins, Krang dit à Shredder qu'il doit prouver sa valeur sinon il se verra refusé l'aide du clan des Foot, de Rocksteady et Bebop, qui sont toujours bloqués dans la dimension X. Shredder va dans une école de karaté corrompue et manipule les élèves pour qu'ils commettent des crimes tout en se déguisant en Tortue Ninja pour discréditer ces dernières. Shredder libère aussi Baxter Stockman de prison et lui ordonne de kidnapper Splinter.