La série se base sur les comics DC, Legion Of Super-Heroes, qui narre les aventures d'un jeune Superman qui se retrouve au 31ème siècle pour aider les membres de la Légion des Super-Héros.
Alors que la Légion des Super-héros est menacée par les Fatal Cinq, trois de leurs membres retournent dans le passé pour trouver de l'aider auprès de Superman...
Un scientifique demande de l'aide à la Légion pour capturer une dangereuse créature. Mais celle-ci n'est peut-être pas aussi dangereuse que le mystérieux homme veut bien le faire croire...
Superman sauve la vie d'Alexis, une des filles les plus riches de la galaxie et commence à se lier d'amitié avec elle. Mais très vite les responsabilités de Superman vont poser problème...
Suite à une tempête cosmique, la Légion se retrouve dans une station spatiale à bord de laquelle tous les membres vont devoit faire face à leurs plus grandes peurs, puis disparaîtres...
Durant les Jeux Galactiques, Superman et Phantom Girl décrouvrent que les Fatal Cinq ont un plan maléfique en tête. De son côté, Lightning Lad participe aux jeux et va devoir affronter quelqu'un proche de lui...
Superman ouvre accidentellement le portail qui mène à la Zone Fantôme, s'en échappe alors un jeune homme aux mêmes pouvoirs que lui...
Superman découvre sa vulnérabilité à la magie alors qu'un jeune sorcier du nom de Zyx débarque sur Terre avec de mauvaises intentions.
Lightning Lad quitte la Légion pour rejoindre une équipe de super-héros plus cool et mature. Mais il va vite se rendre compte qu'il n'a peut-être pas fait le meilleur choix...
Alors que Brainiac perd toutes ses facultés intellectuelles, Superman et Timber Wolf se rendent sur la planète la plus hostile de la galaxie pour tenter de le sauver. Mais la tête de Brainiac s'avère être leur ...
C'est le moment des auditions à la Légion des Super-héros ! Mais cette année les candidats semblent décevants et plus comiques qu'autre chose... jusqu'à ce qu'un groupe de recalés d&...
La Légion se rend sur Winath, planète natale de Lightning Lad, car celle-çi est en grand danger. C'est dans ce contexte que Cosmic Boy, le leader longtemps absent de la Légion, fait son retour.
La Légion doit faire face à une grande menace lorsqu'une ancienne arme renaît à la vie : le "Mangeur de Soleil". L'arme diabolique s'avère trop puissante pour être arrêtée ...
Avec le "Mangeur de Soleil" s'attaquant au soleil jaune de la Terre, la Légion n'a d'autre choix que de faire appel à ses pires ennemis pour l'arrêter...
Un clone de Superman venu du 41ème siècle, nommé Kell-El, demande de l'aide à la Légion pour stopper une grande menace qu'est Imperiex.
Imperiex débute sa conquête du 31ème siècle en libérant de prison tous les ennemis de la Légion. Celle-ci doit alors se tourner vers le Superman du 21ème siècle...
Alors que Timber Wolf est accusé d'avoir attaqué son propre père, la Légion va tenter d'en apprendre plus.
La Légion fait une nouvelle fois face à Imperiex, qui a un nouvel allié, Lightning Lord...
Superman décide de recruter un nouveau membre dans la Légion en la personne de Karate Kid, un jeune homme qui maitrise les arts martiaux mais n'a aucun pouvoir.
Chameleon Boy infiltre les rangs d'Imperiex en tant que Persuader. Mais il ne saura bientôt plus qui il est vraiment...
Un chasseur de prime venant du futur s'en prend à un jeune garcon que la Légion va protéger. Et à la surprise générale, Imperiex va les aider dans cette tâche...
La Legion se rend à Kandor, la dernière ville kryptonienne sauvegardée et miniaturisée. Superman y découvre comment Brainiac est en partie responsable de la destruction de sa planète natale.
La Légion part en mission pour secourir R.J. Brande, un des membres fondateurs du groupe de super-héros.
Le jeune sorcier Zyx sollicite l'aide de la Légion alors que sa planète, Zarok, est attaqué par Mordru.
La Légion reçoit l'aide de Dream Girl, une fille capable de voir l'avenir dans ses rêves et ainsi de prédire les attaques ennemies.
C'est le moment du combat final entre Imperiex et la Légion ! Dans le même temps, l'ancien Brainiac tente de reprendre le contrôle sur la nouvelle version...
Après avoir éliminé Imperiex, Brainiac 5 planifie de prendre le contrôle de l'univers...
