L’histoire se déroule sur deux lignes narratives et temporelles différentes. L’une est en couleur et correspond à l’intrigue générale, l’autre est en noir et blanc et raconte un fait passé. The Killing Joke alterne l’un et l’autre au fil des pages. La trame "au présent" montre le Joker enlever Jim Gordon après avoir tiré sur sa fille et pris des clichés d’elle dénudée. Batman devra le pourchasser jusque dans un parc d’attraction où aura lieu un duel d’anthologie entre les deux forces opposées.
Les flashbacks racontent une des possibles origines du Joker, qui était un comédien raté victime d’un coup monté, qui l’aurait amené à basculer dans un lac rempli de produits chimiques l’amenant à devenir ce qu’il est.

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