Leo tombe dans une embuscade lancée par Shredder. Malgré sa rage de vaincre, il succombera et tombe dans le coma. Splinter, aidé par Leatherhead, fera de nouveau face à son rival pour venger son fils. De leur coté, Donnie, Raph, Mikey, April et Casey trouverons refuge chez le père d'April, lorsqu'ils seront retrouvés par les Fisface et Tiger Claw . Donnie propose donc de retourner au repère afin de tester le nouveau robot tortue qu'il a mis au point.