Alors que les Tortues mènent des recherches en ville pour retrouver Karai, désormais transformée en serpent, April se voit contrainte de revenir à la planque en compagnie d'Irma, sa meilleure amie... ou pas, puisqu'il s'agit en réalité du second lieutenant de l'armada des Kraangs, spécialiste en espionnage. La découverte de la planque est le début de l'invasion massive des Kraang qui avait été retardée plusieurs jours auparavant. Tandis que la ville est en état de siège, les Tortues et leurs compagnons doivent s'enfuir tout en évitant les forces alliées des Kraangs et de Shredder.