Plusieurs semaines ont passé depuis les derniers événements. Le maire Copplebot est toujours porté disparu et les dernières traces du massacre de Jerome peinent à s'effacer.



Gordon rend visite à son oncle Franck qu'il n'a pas vu depuis son enfance. Celui-ci lui apprend qu'il est membre de la Cour des Hiboux, tout comme l'était le père de Gordon, assassiné car il n'adhérait pas à leur projet. Franck demande à Jim de l'aider à renverser la Cour des Hiboux de l'intérieur, en devenant membre à son tour.



La Cour a formé le double de Bruce comme une copie identique du jeune Wayne, toujours entraîné par Alfred et toujours en froid avec Selina. Celle-ci lui envoie un mot pour qu'ils se retrouvent et se réconcilient. Arrivé sur le lieu du rendez-vous, Bruce se dispute avec Selina puis se bat avec des garçons de rues avant de croiser son double et de comprendre que le mot n'était qu'un piège. Drogué, il se réveille dans une prison en pleine montagne pendant que son clone prend sa place auprès d'Alfred.



Nygma est toujours obsédé par la mort d'Oswald et ne cesse de le voir apparaître à ses côtés, en tant que guide spirituel. Il se lance dans une quête pour trouver un nouveau maître qui pourrait le former comme Oswald l'a fait. 6 membres de l'élite intellectuelle de Gotham, échouant à ses énigmes, sont assassinés. Il décide de changer de tactique et de se chercher un ennemi : il le trouve en la personne de Lucius Fox qui a pris la place de Gordon pendant son congé. Fox réussit à répondre juste à une des énigmes de Nygma pour sauver la vie de Bullock et d'une promotion de cadets policiers : celui-ci intrigué le kidnappe et devient The Riddler (l'Homme Mystère).


Oswald est en réalité vivant : Ivy l'a repêché et soigné. À son réveil, il décide de partir en quête de vengeance.