Avec le S.H.I.E.L.D. détruit aux yeux du monde, les agents utilisent leurs stratégies de repli avant que l'armée américaine ne vienne prendre le contrôle. Alors que Coulson décide de tout abandonner pour suivre un signal qui le mènerait vers Fury, Garrett continue de s'emparer des secrets du S.H.I.E.L.D.